Arabidopsis thaliana Genome을 sequencing 기관에 대한 소개
From Biospecies
1. TAIR (The Arabidopsis Information Resource)에 대한 소개
The Arabidopsis Information Resource (TAUR)은 정보를 수집하고 광범위하게 사용되는 모델 식물인 Arabidopsis thaliana에 대한 분자 생물 데이터와 유전적 데이터를 가지는 database를 유지 하고 있다.
TAIR는 Carnegie Institution of Washington Department of Plant Biology, Stanford, California, 그리고 National Center for Genome Resources (NCGR), Santa Fe, NEw Mexico에 의해 만들어졌다. 자금은 NAtional Science Foundation, (Grant No. DBI-9978564) 그리고 DBI-0417062에 의해 제공 되었다.
TAIR은 Arabidopsis Biological Resource Center (ABRC)와 다른 stock(저장)과 연구에 대한 능력이 있는 연구자들을 제공하는데에 대해 공동 협력을 하고 있다. ABRC의 임무는 Arabidopsis 연구 공동체에 종자와 DNA resource들을 얻고, 보존하고, 분배 하는 것이다.
TAIR에 있는 데이터는 검색 가능하고, interactive SeqViewer (쌍방향 SeqViewer)를 사용하여 볼 수 있고, 우리의 tools (도구)를 사요앟여 분석 할 수 있다. 덧붙여서, news 페이지에서 Arabidopsis Genome Initiative (AGI), Arabidopsis lab protocols, 그리고 유용한 링크를를 제공한다.
TAIR project의 깊은 설명에 대한 것은 우리의 가장 최근 review 자료를 봐라: <html>TAIR: a resource for integrated Arabidopsis data</html>
TAIR에 의해 관리 되는 data와 software, database에 대한 상세한 정보에 대해서는 TAIR Workshop for Developers: Plant and Animal Genome XII conference, January 10-14, 2004에서 구두 발표한 다음의 PwerPoint 슬라이드를 봐라:
The Arabidopsis Information Resource for Database, Web Resource Developers (<html>PowerPoint format</html>) Seung Y Rhee
Design Considerations While Buiding the TAIR Database (<html>PowerPoint format</html>) Danforth C. Weems
TAIR Hardware and Software Architecture (<html>PowerPoint format</html>) Neil Miller
The Public Face of TAIR: Building the User Interface (<html>PowerPoint formate</html>) Eva Huala
Data Management and Curation at TAIR (<html>PowerPoint format</html>) Margarita Garcia-Hernandez
TAIR 웹 사이트
출처: TAIR 웹 사이트 (About us 메뉴, <html>http://arabidopsis.org/about/</html>)
2. TIGR (The Institute for Genomic Research) 에 대한 소개
The Institute for Genomic Research (TIGR)는 genome을 분석하고 암호를 푸는데 전념하는 비영리 center이다. - 각각의 생물체의 유일한 유전적 천성을 구성하는 complex molecular chain (복잡한 분자 사슬).
1992년에 설립되었고, TIGR는 genomics revolution (지놈 혁명)의 선두에 위치하고 있고, 생명의 이해를 심화 하고 넓은 범위의 의학, 농업, 에너지, 환경 그리고 생방어에 적용 할 수 있는 결과를 만들어낸다.
1995년에, TIGR는 bacterium Haemophilus influenzae의 무생물 생명체의 첫 번째 full DNA sequence의 발표한 획기적인 사건으로 genome의 era (게놈 시대)에 진출하는데 힘을 썼다. 그 project는 TIGR에 전세계적인 환호를 가져다 주었고, 다음을 포한하는 속사포 시리스의 과학적 성과의 성공이 뒤따랐다.:
가장 작은 bacterial genome인 Mycoplasma genitalium의 genome의 수수께끼를 풀었고, 생명을 유지하는데 필수적인 최소한으로 유지시켜주는 gene을 조사했다.
archaea, 생명의 third domain (세 도메인 시스템으로 생물을 분류하는 체계)을 대표하는 첫 번째 완전한 genoem sequencing.
중요한 역할을 하는 Arabidopsis thaliana의 DNA sequence의 암호를 풀었고, 첫 식물 genome의 완성, 그 뿐만 아니라 벼와 다른 중요한 곡물의 sequence (서열 결정).
pneumonia (폐렴), cholera (콜레라), syphilis (매독), meningitis (뇌막염), Lyme disease (라임병), anthrax (탄저병) 그리고 gingivitis (치은염)을 일으키는 bateria 뿐만 아니라 malaria (말라리아), amoebic dysentery (아메바성 이질), 그리고 African Sleeping Sickness (아프리카 수면병)을 일으키는 parasites (기생충)등을 포함하는 12개 이상의 human pathogens (인간 병원체)의 genome sequence의 암호를 해독했다.
microbial forensics에 대한 tool과 같은 genomics에 사용하기 위한 새로운 방법을 찾았고 tumor diagnosis (종양 진단)을 위한 microarray technology의 사용을 위한 잠재성을 증명했다.
개인 컴퓨터에서 사용하는 software tool들을 개발 했고 그 것은 assemble, annotate 그리고 compare genomes를 위해 사용되고 과학 공동체에 넓게 알려졌다.
처음 10년간 동안, TIGR와 협력자들은 능숙하개 50개 이상의 생물체 또는 microbial strains (미생물 계통)의 완전한 genome을 sequence (서열 결정) 했다 - 어떤 다른 연구 센터보다 많이. The Institute (TIGR)는 두 번째 10년 동안 도전적인 새로운 연구 프로그램을 착수 하였다.
TIGR의 17-acre campus(캠퍼스)는 거대한 Washington, D.C metropolita area (워싱턴 D.C 대도시 지역)에 있는 MD (메릴랜드주) 의 Rockville에 있는 Shady Grove Life Sciences Center에 위치하고 있고 National Institutes of Health (NIH)와 가깝다. TIGR의 이웃에는 Johns Hopkins University의 위성 campus와 University of Maryland의 위성 캠퍼스가 있고, 뿐만 아니라 다른 research institute(연구소, 협회)들과 biotechnology companies (생물공학 회사들)이 Maryland의 biotech(생물공학) 밀집지대에 위치하고 있다.
TIGR는 Clair M. Fraser, Ph.D.가 지위하고 있고, Clair M. Fraser, Ph.D.은 1998년 이후로 Institute's President (협회 장)와 Director (이사)를 하고 있다. 200편 이상의 과학 논문의 저자이고, Fraser은 훌륭한 과학 시상의 수에서 승자이다. - American Society of Microbiology로 부터 받은 2005 Preomega Biotechnology Research Award와 U.S. Department of Energy로부터 받은 Lawrence Award를 포함하여 - 그리고 Advancement of Science (AAAS)에 대한 Fellow of the American Association에 2004년도에 당선 되었다.
그녀와 함께 1995년 첫 bacterial genome을 sequence하기 위해 일을 시작했고, Dr. Fraser는 microbiology에서 가장 높게 평가되고 언급된 과학자들 중의 한명이 되었으며, microbial genomics와 forensics의 영역에서 국제적인 지도자이다. 그녀는 12개 이상의 생물체의 완전한 DNA sequence를 설명한 과학 논문의 첫 번째 또는 상위의 저자이고 그녀는 가장 작은 무생명체, Mycoplasma genitalium, 그리고 spirochetes Treponema pallidum과 Borrelia burgdorfei의 DNA sequence를 결정한 TIGR team의 지도자이다.
TIGR 웹사이트
출처: TIGR WebSite (<html>http://www.tigr.org/</html>)
